O Super NES Classic Edition terá, em adição à sua lista de games, algumas funções bônus, como um botão de retroceder, permitindo que os jogadores retornem a uma seção anterior do game.

Isso pode ser usado para dominar uma parte mais difícil, coletar um item perdido ou simplesmente jogar novamente uma determinada parte de uma fase. O tempo que será retrocedido depende do game, segundo a Nintendo, em RPGs como Super Mario RPG: Legend of the Seven Stars, você poderá voltar alguns minutos, enquanto o timing em Super Mario World é de cerca de 40 segundos.

O Super NES Classic também terá frames opcionais que variam de acordo com o display de cada game. Jogadores também poderão suspender os jogos e salvar a qualquer momento.